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在土壤改良上，木醋液和木炭一樣有著非常重要的作用。木醋液中能被作物吸收作為營養補充成分的隻有少數，而且具有殺菌、殺蟲作用的物質也隻有一小部分。但是，木醋液卻有著化肥和農藥都無法替代的作用。
不僅如此，如果能正確的使用木醋液，可以使肥料的吸收性能更好，效果更佳，而且還能減少作物的病蟲害。在土壤中噴施木醋液不但能促進作物根部的生長，而且還可以改良土壤環境，促進有用微生物的繁殖。
空地使用木醋液10—30倍，生長期間使用100—200倍，灌施於土壤深處；也可使用50—100倍與農家肥混合施於田中。可起到加快有益微生物繁殖，促進作物發芽和根係發達，從而促進作物生長，並可防治土傳病害，如對病黴菌、青黴菌、絲核菌、核盤菌、鐮刀菌等多類病原菌均有抑製或殺滅作用，還可防治線蟲等病蟲害，調節土壤PH值，淨化和改良土壤。尤其用於鹽堿地，改良土壤的效果更為明顯。
用作微肥噴施於葉麵
木醋液可直接作為微肥噴施於植物葉麵，能起到促進光合作用、加快葉片生長、減緩葉片衰老、防治病蟲害作用。一般作物約用600倍噴施，水稻用300—500倍，敏感性作物如西瓜、香瓜、胡瓜、絲瓜、金絲瓜、木瓜、柚類幼果期等約用800—1000倍，梨應避免套袋前使用高濃度木醋液以免傷害果皮。
